История исследований вариаций космических лучей в СССР началась с 11 апреля 1944 г., когда приказом №27 по НИИЗМ (Научно-исследовательский Институт земного магнетизма) была создана лаборатория по исследованию вариаций космических лучей под руководством Е.С. Глоковой. В дальнейшем это привело к созданию крупного отдела в ИЗИМРАН.

Уже в те, военные и послевоенные годы, основатель и первый директор НИИЗМ Николай Васильевич Пушков считал, что для полноценного изучения солнечно-земных явлений необходимы фундаментальные исследования и комплексные наблюдения различных параметров, и при планировании новых комплексных магнито-ионосферных станций (сети обсерваторий) в реестр необходимых исследований включались также наблюдения Солнца и космических лучей.

Существенный вклад был внесен ИЗМИРАН и особенно коллективом Отдела космических лучей в организацию и оснащение первоначально советской, а ныне российской, сети станций космических лучей в качестве головной организации по разработке и созданию отечественных нейтронных супермониторов и, в последние годы, автоматических систем сбора и обработки информации с детекторов КЛ.

В настоящее время в структуру Отдела космических лучей (зав. отделом Янке Виктор Гугович) входят три лаборатории: